Precisión en pruebas de mutación

Precisión en pruebas de mutación

Las mutaciones en el gen del receptor del factor de crecimiento epidermal (EGFR) son encontradas desde el exón 18 al 21, que es parte de la codificación de la proteína del dominio tirosin kinasa. 1,2 En pacientes diagnosticados con CPCNP avanzado, la mutación´más común del gen EGFR se encuentra en las delecciones del exón 19 y en el exón 21 (L858R).3–7

Mutaciones EGFR primarias2,8,9

EGFR Mutation

*Las mutaciones y su frecuencia esta basada en las anotaciones COSMIC, algunos pueden estar en el mismo tumor. Debido a que muchos datos entran en el COSMIC reflejan estudios enfocados en el exón 21 y 19, la frecuencia de mutaciones raras puede ser subestimada.2
Se sabe de la existencia de otras mutaciones poco comunes: G719X se refiere a las mutaciones G719A, G719C, G719S.

Hay varios diferentes kits para detección de mutaciones EGFR y su selección debe estar basada principalmente en el tipo de muestra disponible. La consideración también debe incluir el expertise y disponibilidad del instrumento.

Tecnologías

La selección de la prueba de detección de mutaciones EGFR es frecuentemente influenciada por el expertise del laboratorio y disponibilidad del instrumento. Los laboratorios pueden utilizar los kits comercialmente disponibles, desarrollar sus propias pruebas o enviar las muestras a un laboratorio externo. Es importante considerar el uso de un método con alta sensibilidad para muestras citológicas y plasma, debido a la limitada cantidad de células tumorales presentes en este tipo de muestras.10-12

Para garantizar que el proceso de prueba de la mutación del EGFR sea confiable, consistente y para que las mutaciones se caractericen o identifiquen, es esencial incorporar el control de calidad en cada paso del procedimiento. Esto incluye: 13

  • Control de calidad independiente de los datos y reportes.
  • Validación de nuevos ensayos.
  • Usar buenas practicas de laboratorio, incluyendo control de los productos de contaminación de la PCR.
  • Uso de los controles positivos y negativos.

Kits para detección de mutaciones EGFR

Pruebas comercialmente disponibles

Hay un número de kits comercialmente disponibles para la detección de las mutaciones en EGFR; sin embargo, no todos los kits tienen aprobación regulatoria como in-vitro Diagnostic (IVD). Las aprobaciones regulatorias son adoptadas a nivel regional y proveen seguridad de la integridad de la metodología de la prueba, y en algunos casos la utilidad clínica. En los Estados Unidos (US) la FDA regula las pruebas de diagnóstico IVD (a través de una marca US-IVD) y en Europa esto es responsabilidad de la Directiva IVD Europea (98/79/EC) denotado como marca CE-IVD.

La siguiente tabla contiene ejemplos de kits comercialmente disponibles, regulatoriamente aprobados para la detección de las mutaciones EGFR. Donde aplica, estado de regulación IVD para EU y US. Para conocer su estado regulatorio en otras regiones, por favor consulte sus guías locales regulatorias.

Prueba Fabricante Mutaciones detectadas Sensibilidad: Limite de Detección* Tecnología Plataforma

cobas ® EGFR Mutation Test V215
CE-IVD
US-IVD

Roche Molecular Systems
www.molecular.roche.com
Exon 18: G719X
Exon 19: 29 deletions and complex mutations
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 5 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Para muestras de tejido fijadas en parafina, las mutaciones en los exones 18, 19, 20 y 21 del EGFR pueden ser detectadas con al menos 5% de nivel de mutaciones utilizando el estándar de 50 ng por reacción Amplificación y detección de PCR del ADN objetivo usando pares de primers complementarios y sonda de oligonucléotidos marcados con componentes fluorescentes Roche cobas z 480 analyser

therascreen® EGFR RGQ PCR Kit16
CE-IVD
US-IVD

Qiagen
www.qiagen.com

Exon 18: G719X
Exon 19: 19 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 3 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Exon 18: G719X: 7.4%-10.3%
Exon 19: 19 deletions: 1.6%
Exon 20: S768I: 7.7%
Exon 20: T790M: 9.7%
Exon 20: 3 insertions: 2.4%-11.6%
Exon 21: L858R: 5.9%
Exon 21: L861Q: 2.2%
Amplificación PCR utilizando tecnologías ARMS y Scorpions Qiagen
Rotor-Gene
Q MDx 5Plex HRM instrument

EGFR29 Mutation
Detection Kit17
CE-IVD
CFDA-IVD for China)

AmoyDx
www.amoydx.com

Exon 18: G719X
Exon 19: 19 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 3 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
1% Tecnología Adx – ARMs : Proceso de amplificación de PCR en dos pasos y nuevo diseño de sondas fluorescentes. No especificado

PNAClampTM
EGFR Mutation
Detection Kit
18
CE-IVD

Panagene
www.panagene.com

Exon 18: G719X
Exon 19: 26 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 6 insertions and H773L
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q

<1% PNA bloquean la amplificación de ADN de tipo salvaje; detección con SYBR Green Múltiple

therascreen® EGFR Pyro Kit19
CE-IVD

Qiagen
www.qiagen.com

Exon 18: G719X
Exon 19: 20 deletions and complex mutations
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Exon 21: L861R

Revise el manual del fabricante para detalles de Limites LOD Pirosecuenciación Qiagen
PyroMark
Q24 System
Prueba cobas® EGFR Mutation Test V215
CE-IVD
US-IVD
Fabricante Roche Molecular Systems
www.molecular.roche.com
Mutaciones detectadas Exon 18: G719X
Exon 19: 29 deletions and complex mutations
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 5 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Sensibilidad: Limite de Detección* Para muestras de tejido fijadas en parafina, las mutaciones en los exones 18, 19, 20 y 21 del EGFR pueden ser detectadas con al menos 5% de nivel de mutaciones utilizando el estándar de 50 ng por reacción
Tecnología Amplificación y detección de PCR del ADN objetivo usando pares de primers complementarios y sonda de oligonucléotidos marcados con componentes fluorescentes
Plataforma Roche cobas z 480 analyser
Prueba therascreen® EGFR RGQ PCR Kit2
CE-IVD
US-IVD
Fabricante Qiagen
www.qiagen.com
Mutaciones detectada Exon 18: G719X
Exon 19: 19 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 3 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Sensibilidad: Limite de Detección* Exon 18: G719X: 7.4%-10.3%
Exon 19: 19 deletions: 1.6%
Exon 20: S768I: 7.7%
Exon 20: T790M: 9.7%
Exon 20: 3 insertions: 2.4%-11.6%
Exon 21: L858R: 5.9%
Exon 21: L861Q: 2.2%
Technología Amplificación PCR utilizando tecnologías ARMS y Scorpions
Plataforma Qiagen
Rotor-Gene
Q MDx 5Plex HRM instrument
Prueba EGFR29 Mutation
Detection Kit17
CE-IVD
CFDA-IVD for China)
Fabricante AmoyDx
www.amoydx.com
Mutaciones detectadas Exon 18: G719X
Exon 19: 19 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 3 insertions
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Sensibilidad: Limite de Detección* 1%
Technología Tecnología Adx – ARMs : Proceso de amplificación de PCR en dos pasos y nuevo diseño de sondas fluorescentes.
Plataforma No especificado
Prueba PNAClampTM
EGFR Mutation
Detection Kit
18
CE-IVD
Fabricante Panagene
www.panagene.com
Mutaciones detectadas Exon 18: G719X
Exon 19: 26 deletions
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 20: 6 insertions and H773L
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Sensibilidad: Limite de Detección* <1%
Technología PNA bloquean la amplificación de ADN de tipo salvaje; detección con SYBR Green
Plataforma No especificado
Prueba therascreen® EGFR Pyro Kit19
CE-IVD
Fabricante Qiagen
www.qiagen.com
Mutaciones detectadas Exon 18: G719X
Exon 19: 20 deletions and complex mutations
Exon 20: S768I
Exon 20: T790M
Exon 21: L858R
Exon 21: L861Q
Exon 21: L861R
Sensibilidad: Limite de Detección* Revise el manual del fabricante para detalles de Limites LOD
Tecnología Pirosecuenciación
Plataforma Qiagen
PyroMark
Q24 System
PNA: Polyamide Nucleic Acids – Acidos Nucléicos de Poliamida
PCR: Polimerase Chain Reaction - Reacción en Cadena de la Polimerasa

La información de esta tabla es derivada de la información de los insertos, manuales y sitios web de los fabricantes.

*A no ser que indique lo contrario, Limite de Detección (LOD) representa la presencia de mutaciones requeridas para alcanzar el 95% de mutaciones detectadas, el valor de las reacciones que tienen el mayor LOD es: G719X que se refiere a G719A, G719C, G719S, PNA, ácido péptido nucléico.

Un número de otros kits mutaciones EGFR son comercialmente disponibles, pero pueden no tener aprobación regulatoria, y se refieren frecuentemente como kits para uso de investigación. Por ejemplo: EntroGen EGFR mutation Analysis Kit para PCR en Tiempo Real, Sysmex OncoBEAM EGFR, and Illumina TruSight Tumor 26.20-22

Pruebas desarrolladas por el laboratorio

Las pruebas para detección de las mutaciones del receptor del factor de crecimiento epidermal (EGFR) puede ser menos costoso pero ellos pueden tomar tiempo para ser desarrollados y validados.29 El control de calidad puede ser limitado comparado con los kits (pruebas) desarrolladas comercialmente, los que han sido verificados en reproducibilidad antes de su distribución comercial.23 Las pruebas desarrolladas por el laboratorio pueden solo someterse a un control de calidad en un solo laboratorio, lo que significa que la reproducibilidad de los resultados es desconocida.