Referencias

Aspectos generales

MODELO DE INFORME E INTERPRETACIÓN

Recomendaciones generales para reportar resultados de la prueba BRCA [1]

El informe debe incluir detalles sobre el laboratorio que realizó la prueba junto con sus números de acreditación (tales como ISO o CPA)
El informe debe contener los números de página, siendo esto esencial cuando se usen múltiples páginas (p.ej. página 1 de 2)
Los resultados deben presentarse inicialmente de forma breve e inequívoca para ayudar a facilitar su interpretación
Los términos “positivo” y “negativo” pueden resultar ambiguos y no se recomienda su uso
La secuencia de referencia y la nomenclatura de las variantes genéticas detectadas deben ser significativas y consistentes con la nomenclatura recomendada por la HGVS
Las mutaciones BRCA comúnmente se clasifican y reportan usando un sistema de cinco categorías desarrollado por la International Agency for Research on Cancer [2]
Cuando aplique, se recomienda reportar que el paciente debe ser referido a asesoría genética en caso de haberse detectado una potencial mutación patogénica BRCA de línea germinal
Cuando aplique, pudiera recomendarse realizar seguimiento familiar en caso de detectarse una mutación patogénica de línea germinal

Modelo de informe de prueba BRCA en tumor: identificación de mutación patogénica.

Existe una cantidad de elementos que deberían estar presentes en cualquier informe.[3]

Un informe estándar de prueba en tumor como el que se indica más adelante contiene elementos clave destacados con explicaciones adicionales. [4]

[A] Nombre completo del paciente con apellido separado.
[B] Fecha inequívoca de nacimiento y género.
[C] Código (s) de referencia y tipo de muestra.
[D] Fecha en que llegó la muestra al laboratorio y fecha del informe.
[E] Número de bloque de patología para la prueba en tumores.
[F] Resumen de los resultados presentados de forma breve e inequívoca.
[G] Resultados más detallados con detalles específicos de la mutación, la cobertura de la secuenciación en el gen, la profundidad de la cobertura P.ej. 100% a 1000X de profundidad & el% de contenido de células neoplásicas.
[H] Recomendaciones para pruebas de seguimiento. En este caso, se recomienda una prueba BRCA adicional de la sangre de los pacientes en caso de que el paciente tenga una mutación BRCA en la línea germinal.
[I] Especificación de las pruebas genéticas empleadas, incluido el método utilizado y el límite de detección del ensayo (frecuencia de alelo mutante, MAF) y las regiones de los genes que se han analizado, p. Ej. Codificación y sitios de empalme. También incluye secuencias de referencia en formato LRG BRCA1 – LRG292t1 y BRCA2 – LRG293t1
[J] Firma (electrónica o escrita a mano) por el laboratorio de pruebas, incluido el nombre y el título. Se recomienda Co-firma por una segunda persona competente.

Interpretación de los resultados que se presentan en un informe

Resultado

Indica claramente y de forma inequívoca que esta muestra tiene una mutación patogénica del gBRCA2. [5]

Las variantes patogénicas confieren un riesgo incremental de la enfermedad que puede tener implicaciones para el tratamiento y el pronóstico [6]
En caso de no descubrirse una mutación patogénica puede indicarse lo siguiente: ”NO SE DETECTÓ MUTACIÓN PATOGÉNICA“[7] ] lo que pudiera igualmente tener implicaciones para el tratamiento y el pronóstico

Comentarios

La sección de comentarios del biólogo molecular/científico clínico confirma el resultado de esta prueba, indicando que la muestra contiene una mutación patogénica del gen BRCA2. [8]

NGS

Cobertura de la secuenciación

BRCA2 c.9294C G p.(Tyr3098Ter)

NGS

Cobertura de la secuenciación

BRCA2 c.9294C>G p.(Tyr3098Ter)

Notas

A los fines de secuenciar el ADN de un tumor, primero debe aislarse y enriquecerse en función de los genes BRCA1/2 antes de realizar la secuenciación. En este informe la sección de notas describe algunos de los métodos específicos utilizados.[11]

Enriquecimiento de ADN

Secuenciación

Análisis de datos

Informe

Enriquecimiento de ADN

Secuenciación

Análisis de datos

Informe

La secuenciación de última generación (NGS ) es la tecnología de secuenciación masiva utilizada para secuenciar los genes BRCA1 y BRCA2

Describe la cantidad promedio de lecturas que se alinean con o que “cubren” las bases de referencia conocidas. Una cobertura más alta permite mayor confianza en el resultado de la secuenciación
En este caso se ha logrado un 100% de cobertura de forma que se puedan interpretar los resultados con óptima confianza

Se refiere a una descripción detallada de esta mutación patogénica [9]
c.9294C > G se refiere al lugar de un cambio en la secuencia de ADN, en comparación con una secuencia de codificación del ADN de referencia
En este caso se refiere a la posición del nucleótido 9294 donde un nucleótido C (citosina) ha sido sustituido por un G (guanina)
Tyr3098Ter se refiere al cambio del aminoácido que surge como resultado de esta mutación [10]
En este caso la tirosina (Tyr) ha sido reemplazada por un codón de parada de la traducción (Ter) en la posición 3098 de la secuencia del aminoácido BRCA2

En la primera parte se describe cómo la muestra fue enriquecida usando un kit de estimulador comercial (GeneRead DNAseq v2 Human Breast Cancer Panel de Qiagen)

Luego de la amplificación, la muestra fue secuenciada usando una plataforma de secuenciación de última generación Illumina

Los resultados luego fueron analizados usando un software para variaciones de secuencia de ADN, incluyendo variaciones de nucleótido único (SNV) y pequeñas inserciones/eliminaciones

Se reportaron las mutaciones usando una nomenclatura de mutación estándar y enfoques de denominación al comparar las secuencias BRCA1/2 con las secuencias estándar de referencia LRG292t1 (BRCA1), LRG293t1 (BRCA2)

[1]

Claustres M et al. EJHG 2014; 22: 160-170

[2]

Plon SE et al. Hum Mutat. 2008 November; 29(11): 1282–1291
Wallis Y, et al. Practice Guidelines ACGS 2013: accessed April 2018: available from https://www.acgs.uk.com/media/774853/evaluation_and_reporting_of_sequence_variants_bpgs_june_2013_-_finalpdf.pdf

[3]

Claustres M et al. EJHG 2014; 22: 160-170

[4]

Adapted standard BRCA Report, courtesy of Dr Emma Howard, Genomic Diagnostics Laboratory, St Mary’s Hospital, Manchester, UK. Received January 2017

[5]

Standard BRCA Report: somatic mutation identified, courtesy of Dr Emma Howard, Genomic Diagnostics Laboratory, St Mary’s Hospital, Manchester, UK: received January 2016

[6]

BRCA Exchange Website: accessed April 2018: available from https://brcaexchange.org/help

[7]

Standard BRCA Report: normal somatic, courtesy of Dr Emma Howard, Genomic Diagnostics Laboratory, St Mary’s Hospital, Manchester, UK: received January 2017

[8]

Standard BRCA Report: somatic mutation identified, courtesy of Dr Emma Howard, Genomic Diagnostics Laboratory, St Mary’s Hospital, Manchester, UK: received January 2016

[9]

Ogino S et al. J Mol Diagnostics 2007; 9: 1

[10]

Ogino S et al. J Mol Diagnostics 2007; 9: 1

[11]

Standard BRCA Report: somatic mutation identified, courtesy of Dr Emma Howard, Genomic Diagnostics Laboratory, St Mary’s Hospital, Manchester, UK: received January 2016

Aspectos generales

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